藻类是单细胞低等植物，无根茎叶的分化，个体很小，一般0.5μm，含有叶绿素，呈蓝绿色。繁殖为断裂、分裂，产生各式孢子。藻类生长的三要素是空气、水和阳光，特别是遇到阳光就进行光合作用，大量繁殖，水呈绿色，影响水的质量。 
矿泉水中藻类产生的原因有4点：一是矿泉水原水、供水管道中有藻类，水处理的不净而灌装；二是灌装环节封闭不严，卫生不合格，藻类孢子随空气和操作人带入水中；三是开封后的矿泉水瓶或桶（五加仑桶座到饮水机上，等量的空气就会进入桶中，即为开封），与空气接触，一般1立方米空气约有4000个左右的细菌（不是致病菌），也有藻类孢子，一旦随空气进入矿泉水中，遇以阳光就产生光合作用，而生成藻类；四是对回收沾有藻类的矿泉水桶、盖清洗消毒不清，又重新灌装，残留的藻类经光合作用大量繁殖，恶性循环。 
如何解决矿泉水中藻类，要根据产生原因对症下药。 
(1)矿泉水原水、供水管道中的藻类处理不净的原因：一是过滤膜孔径过大，藻类孢子穿透过滤器进入成品水中，解决方法是选择小孔径膜，使藻类孢子不能通过；二是膜损坏原因，由于水压力大，膜的老化和大量菌藻对膜的污染和啃食，引起膜破损，使菌藻通过膜损部位进入成品水中，解决方法是更换过滤膜，以后定期清洗消毒过滤膜，减少污染和破损；三是臭氧浓度不够臭氧时间短，对藻类杀灭不清，解决方法是加大臭氧浓度和臭氧时间；如仍然处理不净，可安装光子反应器或灭藻器，解决水源和管道中的藻类。 
(2)灌装时随空气和操作人带入藻类，解决方法，建立无尘无菌灌装车间，洁净指标局部达到100级，环境1000级，封闭作业，进入要消毒，防止人接触。 
(3)矿泉水桶、瓶开封后产生藻类或污染，解决方法，桶、瓶装矿泉水均有保质期，开封后的矿泉水就不受保质期的保证了，应尽快饮完，不要超过一周。放置矿泉水桶、瓶及饮水机的要求是阴凉、通风、干燥、避光处，减少菌藻污染。 
(4)沾染藻类的矿泉水桶和盖，要用消毒剂侵泡刷洗干净，再经生产线消毒清洗后才能灌装，防止二次污染。